高通量测序（NGS）
Next Generation Sequencing
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NGS（Next Generation Sequencing，下一代测序技术），又称高通量测序，是相对于传统的桑格测序（Sanger Sequencing）而言的。Sanger测序法一直以来因可靠、准确，可以产生长的读长而被广泛应用，但是它的致命缺陷是慢。NGS以高输出量和高解析度为主要特色，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取，在提供丰富的遗传学信息的同时，还可大大降低测序费用、缩短测序时间。NGS是现行最主要的测序技术。
NGS是一个强大的功能平台，它可以同时给数以万计的DNA分子进行测序。NGS在基因组学研究领域是一个具有里程碑意义的事件。
植入前胚胎遗传学诊断
国家食品药品监督管理总局（CFDA）于2014年11月批准首个用于胎儿染色体非整倍体检测的NGS诊断试剂盒，并成为临床应用最为成熟的NGS检测试剂盒。2015年1月我国正式启动"辅助生殖机构开展高通量基因测序植入前胚胎遗传学诊断临床应用试点工作" ，为NGS应用于胚胎植入前遗传学筛查（preimplantation genetic screening，PGS）和胚胎植入前遗传学诊断（preimplantation genetic diagnosis，PGD）提供了依据，前者通过确保具有更高植入机会并导致活产的整倍体胚胎的转移来提高体外受精的成功率，后者能够识别具有特定致病突变和未受影响的植入胚胎。PGS/PGD优点在于能够利用单一平台实现单基因病和染色体异常分析。
无创产前检测
无创产前检测（noninvasive prenatal test，NIPT）通过采集孕妇外周血（5ml以上），提取游离的来自胎儿的DNA，采用新一代高通量测序结合生物信息学分析，得出胎儿患染色体疾病的风险。为当下较为成熟和消费者认可程度最高的产品。
测序技术 可覆盖基因组范围 测序成本 所需基因组覆盖度 全基因组测序WGS >95% 依次降低 一般为>30X 全外显子测序 ~2%一般为编码区域 一般为>50X~100X 靶向测序 0.005%-0.1%
（约100-1000个基因）
一般为>500X 
1.全基因组测序WGS
检测整个基因组的序列，并提供最全面的数据。针对未知靶点，测序深度低，成本高。
2.全外显子测序WES
外显子(蛋白质编码区)只占人类基因组的1~2%，但人类基因组85%的致病突变都在外显子区域，测序深度比WGS高。
3.PANEL靶向基因测序
Panel即少数基因位点的集合，针对靶点已知如EGFR、BRCA1/2等，测序深度更高，成本更低。
样本要求
样本类型 样本要求 血液 ≥0.6ml新鲜或者冷冻保存的抗凝血（全血或者从全血中提取的白细胞），体检使用EDTA抗凝剂，不能用甘肃抗凝，以免影响实验。 动物组织 ≥100mg新鲜或者冷冻保存的动物组织，建议按一次提取的量50-100mg用锡箔纸包裹或EP管分装。 细胞 ≥5*106个，请清洗后离心的细胞沉淀，干冰运输。 植物组织 ≥1g，建议清洗后用锡箔纸包裹或EP管按照一次提取的量100mg分装，在3min内进行液氮速冻。干冰运输。 血浆、血清 ≥5ml，4h内完成血浆分离。干冰运输。 石蜡切片、腊卷 5-10张/卷未经H3染色的切片；厚度≥5μm;组织区域面积≥10mm*10mm;有核细胞比例>80%；肿瘤细胞比例>20%，建议使用1年内的FFPE样本。常温运输。 肿瘤诊断、遗传病诊断、无创产前检测(NIPT)、胚胎植入前遗传学筛查/诊断。
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1、直接对蛋白编码序列进行测序，找出影响蛋白结构的变异；
2、高深度测序，可发现变异频率低于1%的罕见变异；
3、仅针对外显子组区域，有效降低测序费用、存储空间和工作量。
4、检测速率高，可3个工作日出具报告。
全外显子测序(Whole Exome Sequencing，WES)即利用杂交捕获技术获取、富集基因组中所有具有蛋白编码功能的外显子区域DNA序列，并对这些DNA序列进行高通量测序的方法。人类外显子约占整个人类基医组的1%左右，大约30Mb。尽管只占全部基因组很小的一部分，但约有85%与疾病相关的突变存在于外显子区域。外显子测序主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及UTR区域内的变异。结合大量的数据库提供的外显子数据，有利于更好地解释所得变异与疾病的关系。
本产品利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列，对肿瘤组织或外周血中循环肿瘤DNA（ctDNA）中2万多个基因进行高通量测序，一次性检测所有蛋白质编码基因的变异情况，覆盖范围为所有蛋白质编码基因的全部外显子区域，检测基因的点突变（SNV）、小片段插入缺失（INDEL）、多态性(SNP)、拷贝数变异（CNV）以及融合（FUSION）等，分析基因变异与靶向药物、免疫药物（MSI/TMB）、肿瘤风险、化疗药物和遗传风险的相关性，以期发现与蛋白质功能变异相关遗传突变。
鉴研采用华大MGISEQ-2000测序平台对外进行服务，平台具有五大关键的技术：DNB、Pattern array、cPAS、MDA-PE、sCMOS，保证了该平台测序数据均一性好、单个碱基质量值高，操作简易、快速测序、灵活运用、可拓展高。
DNA样品
组织样品
组织样品保存和运输指南
无蛋白污染；
无RNA/盐离子污染；
样品无色透明不粘稠的DNA；
1.样品总量≥1μg；
2.样品浓度≥12.5ng/μL；
3.完整性：主峰＞20Kb
新鲜培养的细胞：细胞数≥5×106cell
液氮速冻法：离心后液氮速冻，-80°保存，干冰寄送
新鲜动物组织干重 ：≥50mg
1. 液氮速冻法：分割成50mg小块后，液氮速冻，放入干净的带螺纹旋盖的保存管中。-80°保存，干冰寄送。
2. 商业核酸保护液保护法：严格按照说明书操作，组织厚度保持在5mm左右，活体组织离体后建议3分钟内液氮速冻。
全血（哺乳动物）：≥1 mL
EDTA抗凝管采集。新鲜采集的用移液器转移至2ml的离心管，足量冰袋或者干冰寄送；冷冻血液，干冰寄送。
唾液：≥1mL
商业核酸保护液保护法： 推荐DNA Genotek公司的Oragene.DISCOVER(OGR-500)(For Research)或Oragene.Dx(OGR-500)(For Diagnostics) collecton kit
FFPE ：≥ 10 片，未染色，100 mm2，5 ~ 10μm厚度
要求有核细胞数量80%以上，肿瘤细胞含量70%以上，常温保存寄送。
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本项目使用高通量测序的方法，对从样本中所提取的微生物全部核酸进行测序，并通过与微生物序列数据库进行比对，从而实现对样本中所含微生物的鉴定。可检测范围超过20000余种微生物，包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等类型，该方法可以有效协助临床医生对各类感染病原进行诊断。
感染性疾病占所有疾病的50%以上，每年有超过10亿人次发生感染。感染性疾病存在多重感染、疑难危重感染高发，新发罕见病原感染层出不穷等特点，快速准确鉴定病原体是临床早期精准诊疗、控制疾病蔓延和降低医疗负担的关键，这也是宏基因组应用的着力点。
全新的病原学诊断技术mNGS是一种对临床样本中的所有核酸进行测序，然后与各个物种的基因组序列对比，从而寻找可能病原体的方法。mNGS规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点，不仅可以大大缩短标本周转时间，还能及时为临床提供准确有利的诊疗依据。
近年来，宏基因组测序越来越多的应用于医学研究及临床诊断领域，如感染类型诊断、抗性基因的鉴定和传染病的防控等，宏基因组应用于病原体的临床应用也达成了多个专家共识。
病原宏基因组测序
